silvoLab

we try to use 20ng. But the important part to consider is the molarity of the sample (though with the new flow cells should be less important)

Online (non trovo articoli) si indica un polimorfismo di APOBEC3A responsabile di questo nelle popolazioni dell’Asia (anche noi vi accennavamo nel nostro articolo). Questo polimorfismo è presente solo nel 20% di quelle popolazioni. Un po’ poco per avere un effetto sulla pandemia

In realtà un evento selettivo del genere c’è già ed è il frutto del lavoro dei professionisti che combattono il virus (anche se non causa il collasso mutazionale) A naso direi che più degli APOBEC in Giappone sta funzionando il sistema sanitario: vaccini, prevenzione, etc.

Perché il collasso mutazionale possa avvenire, dovrebbe essere presente un evento selettivo enorme che agisca su tutti gli individui contemporaneamente. Qualcosa di simile a quello che succede alle cellule tumorali durante la chemioterapia.

Gli APOBEC possono indurre mutazioni sul virus, ma la loro propagazione nella popolazione è dettata dalle solite regole dell’evoluzione (selezione e genetic drift). Non c’è modo che un virus con un genoma non funzionante soppianti quello normale (e poi si suicidi)

non ho accesso all’articolo ma -dal titolo- sono d’accordo. Gli APOBEC potrebbero avere un effetto sul decorso del COVID nell’individuo. È tutto da dimostrare, ma plausibile. Causare l’estinzione del virus nel singolo individuo? Forse nelle fasi iniziali dell’infezione, non oltre

Or if you know of other resources/books on the topic… Many thanks in advance :)

Aside from lamenting time and mental resources wasted when I forgot them, I need examples -possibly life-sciences related- to liven up the talk and convince them that choosing the right positive/negative controls is not magic.

I just volunteered to tell 1st year PhD students of the importance of controls in a scientist’s life. Question for scientists on twitter: can you tell me of egregious cases where the lack of a single control changed completely the story and doomed a published paper forever?

Hopefully, one step closer to the clinic… It was exciting working on it: methylation, fragmentomics, and all. Thanks @benbfly and all others! Just a teaser: the correlation of methylation and tumour fraction (healthy controls are the blue bubbles). biorxiv.org/content/10.1101/…

your paper is always the first one I cite when I write of APOBECs and cancer :) 2004 - should I start feeling old?

One of the most inspiring, as a person and as a scientist. A huge loss indeed. I will miss him

This is going to be useful! Thanks!

indeed, it’s been more than a month since we’ve started rationing them

Final days to apply for a PhD in my lab. The science is interesting and the lab is welcoming. Of course you will also need to deal with the whole ugly Firenze thing on the side...