Des chercheurs de la faculté de médecine 🇺🇸 de l'Université de Pennsylvanie viennent de repousser les limites en matière de découverte de nouveaux antibiotiques par l'IA, promettant potentiellement des « centaines de milliers de molécules ». Plus précisément, cette équipe de scientifiques a développé un nouvel algorithme capable d'exploiter et de passer en revue « l'intégralité ou presque de la diversité microbienne que nous avons sur Terre », accélérant ainsi la recherche sur la résistance aux antibiotiques. Ils disent avoir trouvé près de 900 000 nouvelles molécules codées ou cachées dans toute cette matière noire microbienne, qui nous seraient potentiellement utiles. « Il aurait fallu de nombreuses, nombreuses, nombreuses, nombreuses années pour y parvenir, mais avec un algorithme, nous pouvons trier de vastes quantités d’informations, et cela accélère le processus », a déclaré César de la Fuente , auteur de l’étude et professeur à l’Université de Pennsylvanie. Les auteurs estiment que leur recherche est le « plus grand effort de découverte d'antibiotiques jamais réalisé », et qu'il s'agit d'un véritable tournant dans les avantages potentiels de l'intelligence artificielle pour la science. « Au lieu d’attendre cinq ou six ans pour trouver un candidat, nous pouvons désormais, grâce à l’ordinateur, en quelques heures seulement, trouver des centaines de milliers de candidats. » Pour cette étude, les chercheurs ont collecté presque tous les génomes et métagénomes stockés dans des bases de données accessibles au public et ont recherché des fragments d’ADN susceptibles d’avoir une activité antimicrobienne. En tout, leur analyse a porté sur 87 920 génomes de microbes spécifiques, et sur 63 410 mélanges de génomes microbiens. Cette vaste exploration a permis d'identifier 863 498 peptides antimicrobiens candidats, dont plus de 90 % n'avaient jamais été décrits auparavant. Afin de valider la valeur de ces prédictions, ils ont sélectionné 100 de ces peptides, puis les ont testés contre 11 souches bactériennes responsables de maladies, notamment des souches résistantes aux antibiotiques d' E. coli et de Staphylococcus aureus, pour déterminer si elles pouvaient réellement tuer les bactéries. Il s'est avéré que « 63 % des molécules choisies ont complètement éradiqué la croissance d’au moins un des agents pathogènes testés, et souvent de plusieurs souches. Dans certains cas, ces molécules étaient efficaces contre les bactéries à très faible dose. » Si ce chiffre s'avère représentatif de l'ensemble des molécules découvertes, ou même si le pourcentage au final était moins élevé, cela voudrait dire que des centaines de milliers de nouvelles molécules antibiotiques pourraient voir le jour grâce à cette étude... Les auteurs de la recherche ont fait le choix de mettre ces données et ce code à la disposition de tous, dans le but de « faire progresser la science et de bénéficier à l’humanité », a déclaré de La Fuente. Il espère qu'en complément de son équipe, d'autres chercheurs dans le monde mèneront des recherches supplémentaires sur les meilleurs candidats pour des antibiotiques potentiels. « Ensuite, si tout se passe bien, le projet passera à la phase 1 des essais cliniques. » Sources : - pennmedicine.org/news/news-r… - theguardian.com/society/arti…