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Scientist. Deputy Director @BDR_RIKEN, Project Director @RIKEN_en TRIP Headquarters, Associate Division Director @RIKEN_en R-IH.
兵庫 神戸市 中央区
Joined January 2010
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Soya Shinkai's paper is out! By tracking 131 genomic loci in living fission yeast cells and integrating them with Hi-C, we built a physics-based “digital twin” of the genome, revealing how mechanical forces drive genome-wide chromatin dynamics.@BDR_RIKEN doi.org/10.1073/pnas.2612002…
Shuichi Onami retweeted
🌍 Last Call to register: #GBI_EoE2026
Why you should join us in Heidelberg — from imaging access and infrastructure to facility operation, technology investment and global exchange.
🎥 youtube.com/watch?v=sHqJbWuw…
We’ve released an alpha version of SSBD Similarity Search, a new query-by-image service for our public bioimaging data resource, SSBD. Upload an image and find visually similar images using CLIP, DINOv2, or uniDINO. Give it a try! @BDR_RIKEN @ssbd_en ssbd.riken.jp/similarity-sea…
理研は、研究分野での経験と、数理・計算科学・情報技術に関する高度なスキルを有し、研究者と協働して最先端の科学研究を推進する専門職「リサーチエンジニア」を育成する新プログラムを開始しました。リサーチエンジニアを目指す若手研究者の皆さん、奮ってご応募ください。riken.jp/careers/programs/re…
私たちが作製したGFP標識線虫236株（227遺伝子）をWormTagDBに登録しました。これにより、私たちのコレクションはWormTagDBへの貢献として世界で2番目の規模となりました。🪱✨岡田初美さん、古島理恵さんに大感謝です！wormtagdb.rc.duke.edu @RIKEN_BDR
Excited to share that we have registered 236 GFP-tagged C. elegans strains, covering 227 genes, in WormTagDB! This makes our collection the second-largest contribution to the database worldwide. Huge thanks to Hatsumi Okada and Rie Furushima. wormtagdb.rc.duke.edu @BDR_RIKEN
大浪研@RIKEN_BDRではバイオイメージングデータの公共リポジトリ・AVDBであるSSBDおよび欧州EMBL-EBI、米国Allen Institute等と協働しグローバルなバイオイメージングデータの共有システムGIDEの開発に参画する研究員、技師の募集を行っています@ssbd_ja @GIDEproject riken.jp/careers/researchers…
理研のデータが使いやすくなりました！多様な研究データベースへのポータルサイトを公開 | 理化学研究所 riken.jp/pr/news/2026/202602…
data.riken.jp. .
The GloBIAS Bioimage Analysis Conference has ended. Thank you to the 160+ participants who gathered in Kobe from around the world! Hope you enjoyed the science, food, sake, and culture in Kobe, Japan. See you soon! @GloBIAS_ @BDR_RIKEN @GerBI_GMB @czi @GlobalBioImage
We are almost ready to welcome you all to the GloBIAS Bioimage Analysis Conference 2025 in Kobe, Oct 26-31. Safe trip to Kobe, Japan, and see you soon! @GloBIAS_ @BDR_RIKEN globias.org/activities/bioim…
近年世界レベルで重要性を増している、研究機関のコアファシリティで働く技術者のキャリアパスに興味を持つ方々のための、体験イベントです。百聞は一見に如かず。興味のある方は是非ご参加ください。
最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部では、8/26(火)に理系の専門学校生・高専生・大学生・大学院生を対象としたイベントを開催します！
日頃、見ることができない研究施設や技術者の日常を大公開。ぜひご応募ください。
お申込み・詳細: riken.jp/pr/events/lectures/…
We work together! @ssbd_en
OME team from @dundeeuni @openmicroscopy joins Global BioImaging Image Data 2025 Course at @IISERPune @IndiaBioImaging
With Virtual Machines from @RIKEN_BDR and support from @sonamix participants learn how to set up OMERO server in an imaging core facility
Shuichi Onami retweeted
RIKEN BDR Lab for Developmental Dynamics (@sonamix) is hosting the @GloBIAS Bioimage Analysis Conference to be held in Kobe, Japan, Oct 26-31, 2025.
Training school, #Hackathon & #Taggathon are also being organized!
Registration deadline: Jun 15, 2025
👇
globias.org/activities/bioim…
バイオイメージングデータの共有と再利用のためのプラットフォーム「SSBD」@ssbd_ja の新たな紹介動画を公開しました。SSBD:repositoryには学術誌上で発表された全てのバイオイメージング関連データをどなたでも論文発表に合わせて公開することが可能です。youtu.be/935KmjA1s9E
Shuichi Onami retweeted
本屋さんの書架にも並んだみたいです。nitter.cf/IgakuJ/status/19045168…
【新刊情報】
『型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari』（羊土社 定価6930円）
編集 三浦耕太@kotapub
塚田祐基@loveacidjazz
先日入荷した新刊です。
基礎医学関連科学一般の棚で展開しています。
在庫の確認はこちら↓
maruzenjunkudo.co.jp/product…
#羊土社
Shuichi Onami retweeted
なお、この研究で用いられた全ての組織学データ(マウス頭部の連続組織切片データ; 8.5-15.5 dpc)は、理研のSSBD:repository(@ssbd_en)よりダウンロードが可能です。
All histological data head are available on SSBD:repository !
➡ ssbd.riken.jp/repository/413…
Shuichi Onami retweeted
#foundingGIDE celebrates one year! We’re excited to share the highlights from one of our biggest events of 2024: the foundingGIDE Community Event in Okazaki, Japan 🇯🇵
More of foundingGIDE Community Event 2025 here: founding-gide.eurobioimaging…
#imaging #metadata #ontologies
Thrilled to share our newly developed incubator-type biaxial light-sheet microscope. The system allows in toto single-cell observation in a whole hemisphere of an E5.5 embryo for 12h. Collaboration with Tomonobu Watanabe Lab @BDR_RIKEN is always exciting!
embryonic development / single-cell tracking / SPIM microscope / trans-scale / live-imaging @sonamix @BDR_RIKEN @RIKEN_en
life-science-alliance.org/co…
理研OLSPは"オープンライフサイエンスの現状と展望"をテーマとしたシンポジウムを開催します。オープンサイエンスに関する専門家や研究者が一同に会し、生命科学のオープンサイエンスの最新の知見や実用例について議論します。2025年1月27日@理研和光 @RIKEN_OLSP @RIKEN_JP riken.jp/pr/events/symposia/…
Shuichi Onami retweeted
We will host OLSP Symposium 2025: Present and Future Perspectives of Open Life Sciences. The event will bring together experts and researchers to discuss and share the latest findings and practical applications related to open science in life sciences. olsp.riken.jp/en/olspsymposi…
