インドネシアのジャカルタ湾で #環境DNA から刺胞動物・軟体動物群集を調べて都市化に伴う群集構成の違いを比較した研究 doi.org/10.1016/j.rsma.2026.… 都市化された港湾から沖合の海洋保護区まで、環境条件の異なる4地点で海水を採取。COI領域の環境DNAメタバーコーディングにて刺胞動物と軟体動物の群集構成を比較 その結果、地点間の群集非類似度はJaccardで0.86〜0.93、Bray–Curtisで0.82〜0.98と高く、群集の違いは主に分類群の入れ替わりによるものだった また、造礁サンゴ類が刺胞動物の配列リードに占める割合は、沖合の保護区2地点では15〜19%だったのに対し、都市近郊・港湾では約5%に低下。一方、クラゲやクダクラゲ類などの浮遊性動物は都市化された港湾で約39%と最も高かった ただし、これらは環境DNAのリード数の割合であり、実際の個体数や生物量を直接示すものではないため、予備的な傾向として解釈する必要がある 熱帯沿岸域における無脊椎動物の環境DNA解析から、都市化に沿った群集構成の違いを調べた研究

絶滅危惧種のPycnopodia helianthoidesを対象に #環境DNA の放出速度と分解速度、日光の影響を調べたプレプリント doi.org/10.64898/2026.10.15.… 北東太平洋に生息する Pycnopodia helianthoides は、個体数が90%以上減少しており環境DNAによる生息状況の把握が期待されている この研究では、12の飼育個体を用いた72時間の放出実験と、明暗条件での96時間の分解実験を実施。海水中の環境DNAをSterivexフィルターで回収し、ミトコンドリアnad5遺伝子をddPCRで定量。その結果、環境DNAの放出速度は1個体当たり毎時 約2.2万〜54.8万 コピーと大きく異なり、個体のストレス反応が放出量と強く関連していた 一方、環境DNAの半減期は平均約27時間で、日光の有無による分解速度の有意差は認められなかった。ただし、明暗条件で水温が約2℃異なり、曇天による日射量の低下もあったため、日光の影響については追加検証が必要としている さらに、海洋生物を対象とした既存研究29報と比較すると、Pycnopodia helianthoidesの環境DNA放出速度は低い部類に入っていた

イタリア・シチリア島の河川で #環境DNA から水生・陸上脊椎動物を検出して周辺の土地利用との関係を調べた研究 doi.org/10.3390/biology15201… 地中海の島嶼河川では、人間活動や環境変化が生物多様性に影響する一方、一般的な現地調査だけでは多様な生物を把握することが難しい この研究では、シチリア島のオレト川で上流・中流・下流の3地点から河川水を採取して、環境DNAメタバーコーディングで脊椎動物群集を調査 その結果、上流では人間活動に関連する生物、中流ではウシやヒツジ、イノシシなどの家畜・陸上動物のDNAが検出された。下流では絶滅危惧種のヨーロッパウナギ（Anguilla anguilla）に加え、鳥類や両生類、外来魚のアメリカナマズやオオクチバスなど、多様な脊椎動物が検出された 河川水の環境DNAには、水中に生息する魚類だけでなく、周辺の陸上動物や人間活動に関連するDNAも含まれており、流域全体の生物相を把握する手掛かりとなる 環境DNAから都市近郊河川の水生・陸上動物と周辺環境との関係を調べた研究

ホホジロザメの若齢個体が集まる沿岸域で #環境DNA と複数の調査手法から餌生物群集の変化を調べた研究 doi.org/10.1002/ecs2.70783 米国南カリフォルニア沿岸では、若いホホジロザメが特定の浅海域に集合することが知られている。しかし、その集合が周辺の魚類群集に与える影響は十分に分かっていなかった この研究では、ホホジロザメが現在集合する3地点と、過去に集合していた2地点を対象に、2022年5月から約1年間調査を実施。海水の環境DNAをMiFish-U / -Eでメタバーコーディングし、地曳網、餌付き水中カメラ、ドローン、音響テレメトリーの結果と比較 その結果、ホホジロザメの集合地点では魚類群集の構成が有意に異なり、特に底生性のエイ類の相対的な出現量が低かった。Urobatis halleri の検出減少がこの違いに大きく寄与した。また、トビエイ類やカリフォルニアドチザメでは、生息場所の利用に変化が認められた ただし、これらの変化が捕食による個体数の減少か、捕食者を避けるための移動かは完全には区別できない点には注意が必要 環境DNAと複数の観察手法を組み合わせて海洋の上位捕食者が餌生物群集に与える影響を調べた研究

アドリア海に侵入した外来ガザミについて種特異的な #環境DNA の検出系を開発して沿岸域での検出性能を評価した研究 doi.org/10.1002/ece3.74462 対象は北米原産のブルークラブ Callinectes sapidus は、地中海では分布拡大によって在来生物や二枚貝養殖への影響が問題となっている この研究では、COI領域の464 bpを標的とする種特異的プライマーを設計。イタリアとクロアチアのアドリア海沿岸5区域から計22サンプルの表層水を採取し、環境DNAを抽出してPCR増幅とハイスループットシーケンスを実施。 その結果、5区域すべてでCallinectes sapidusのDNAを検出し、68 OTUが対象種に分類された。また、ASVを用いたハプロタイプ解析では、複数の調査区域に共通する主要なハプロタイプが認められた 一般的なCOIメタバーコーディング用プライマーでは検出が安定しなかった区域でも、今回の種特異的プライマーでは対象種を検出。ただし、調査区域はいずれも対象種の生息が既に報告されている場所であり、未侵入地域での早期発見性能は今後の検証が必要 環境DNAの種特異的検出と遺伝的な変異の解析を組み合わせて外来種の分布監視に適用した研究

中国の希少イモリを対象に、#環境DNA を約50分で目視検出できるMIRA-LFD法を開発した研究 doi.org/10.3390/ani16203225 中国浙江省に生息する絶滅危惧種のチンハイイボイモリ Echinotriton chinhaiensis は、生息地が限られ、一般的な現地観察では分布の把握が困難 この研究では、水中の環境DNAを検出するため、37℃で核酸を増幅するMIRA法と、増幅産物を試験紙で目視判定するLFDを組み合わせた検出法を開発 2024年8〜9月に採取した197サンプルを用いて通常のPCRと比較した結果、PCRでは51試料（25.9%）、MIRA-LFDでは84試料（42.6%）が陽性となった 検出限界は5.1×10⁻⁴ ng/µLで、通常のPCRより高い分析感度を示した。増幅から試験紙による判定まで約50分で完了し、専用のPCR装置を必要としない点も特徴 さらに、環境DNAの陽性地点を参考にした追加調査では40か所の産卵水域を確認した。ただし、環境DNAの陽性結果だけで個体数や繁殖状況を判断することはできない点には注意が必要 希少な両生類の生息地調査に 等温増幅と簡易な目視判定を組み合わせた環境DNA検出法を適用した研究

#環境RNA の保存・抽出方法を比較して既存の #環境DNA 用プロトコルを応用できるか検証した研究 doi.org/10.1111/1755-0998.70… 環境RNAは環境DNAより分解されやすく、採水後の保存方法や抽出コストが課題となる 本研究では、オオクチバスが生息する池から1 Lの水試料を採取し、CytB遺伝子由来の環境RNAと環境DNAを対象に、保存条件と抽出方法を比較 採水後の試料を0〜25時間氷冷保存した結果、25時間後まで環境RNAの濃度や検出率に有意な低下は認められなかった。一方、ろ過に時間がかかるほど回収量が低下する傾向が見られた また、保存液や抽出方法を比較した結果、フィルターを保存液なしで凍結し、CTABとクロロホルムで抽出する方法が環境RNA・環境DNAともに高い回収量を示した 抽出コストは1試料約1.21ドルと、商用キットの9.31〜15.94ドルより安価。ただし、有機溶媒を扱うための安全設備が必要 なお、保存試験は単一水域で行われ、定量下限未満の試料も多かったため、他の環境条件での検証が必要 環境RNAの保存・抽出を低コストで実施するための実用的な手法を比較した研究

#環境DNA と市民科学の観察記録から根絶されたと考えられていた外来甲虫の生息地を特定した研究 doi.org/10.1002/njz2.70071 ユーカリの葉を食害するオーストラリア原産の甲虫 Paropsisterna beata は、ニュージーランドでは2013〜2014年に駆除が実施され、2016年に根絶が宣言されていたが、その後もiNaturalistに3件の目撃記録が投稿されていたため、研究者らは公開されている環境DNAデータを調査 その結果、魚類の移動調査を目的として2024年12月に採取された河川水から、この甲虫のCOI配列を検出。1 Lの河川水を用いた6反復すべてで陽性となった さらに、Google Earthで採水地点の上流にあるユーカリ林を確認し、2026年1月の現地調査で幼虫1個体と成虫3個体を発見。甲虫は河川から約75 m以内のユーカリで確認された 本来は魚類調査用に収集された環境DNAが、陸上昆虫の検出と生息地の絞り込みに役立った事例。市民による観察記録と公開環境DNAデータを組み合わせ、発見が難しい外来害虫の定着を確認した研究

韓国のサンショウウオ 2種を対象に #環境DNA と現地調査から繁殖時期の違いを調べた研究 doi.org/10.3897/herpetozoa.3… 韓国の山地渓流に生息する Onychodactylus koreanus と O. sillanus は、主に地下で繁殖するため、繁殖時期を直接観察することが難しい この研究では、2地域の渓流で約1年間、2週間間隔で各地点から1 Lの河川水を採取。定量PCRで測定して現地での個体調査と比較。その結果、環境DNAの検出頻度は O. koreanus の調査地で84.6%、O. sillanus の調査地で43.8%だった また、環境DNA濃度の季節変化から、O. koreanus では春と晩秋に明瞭なピークが確認され、現地調査でも繁殖成体63個体を確認。一方、O. sillanus では1〜6月に主な検出時期が認められたものの、繁殖成体は観察されなかった これらの結果から、O. koreanus は年2回、O. sillanus は冬の終わりから初夏にかけて年1回の長い繁殖期を持つと推定された。ただし、2種は異なる地域で調査されており、種による違いか生息環境による違いかは未解明 直接観察が難しい地下性の繁殖活動を環境DNAの濃度の季節変化と現地調査から推定した研究

北極海の高緯度海域でスケトウダラの #環境DNA を検出して海水温との関係や分布北限の変化を調べた研究 doi.org/10.1111/fog.70085 2021〜2024年に砕氷研究船を用いてベーリング海、チュクチ海、北極海中央部の180地点で調査を実施。採取した342の環境DNAサンプルの解析と、仔魚の採集結果を組み合わせてスケトウダラの分布を評価 環境DNAは25サンプル（7.3%）で検出され、年別の検出率は2.8〜13.2%だった。2024年には北緯75度58分で検出され、過去のトロール調査による最北記録の北緯75.44度を上回った また、環境DNAが検出された地点では海底付近の水温が有意に高く（p＝0.0012）、水温が1℃高い場合の検出オッズ比は1.74だった。一方、仔魚は2021年に5個体、2022年に3個体が採集されたものの、環境DNAの検出が多かった2023年と2024年には確認されなかった 複数年の環境DNAと仔魚調査から、北極海におけるスケトウダラの断続的な出現と、比較的温暖な海底付近の水温との関連を明らかにした研究