La mayoría de los irlandeses que combatieron a favor de México, murió en combate. Setenta y dos fueron hechos prisioneros después de la batalla del convento de Churubusco, en la cual murieron dos subtenientes, cuatro sargentos, seis cabos y 23 soldados del Batallón San Patricio. En el convento, no obstante, se había desplegado un grupo más numeroso, sobre todo de infantería, que combatió de manera desesperada, en parte porque sabían que su captura significaría su ejecución; además, resistieron hasta el final y fueron los últimos que todavía tenían municiones, porque el único reaprovisionamiento que recibieron los defensores durante la batalla no era el correspondiente a los mosquetes del batallón Bravo ni a los del Independencia, pero sí a los del Batallón de San Patricio. Cuando los hombres de la Guardia Nacional, que habían agotado sus municiones, trataron de hacer ondear una bandera blanca, algunos de los san patricios los detuvieron. Aunque algunos de éstos escaparon cuando se rindió el convento, más del 60 por ciento cayeron muertos o fueron capturados en el lugar. Para juzgar a los prisioneros irlandeses, el ejército norteamericano estableció dos consejos de guerra, uno en Tacubaya y otro en San Ángel. Se encargó del castigo y ejecución del mismo al coronel William Harney, descendiente de irlandeses. Conforme al código militar de Estados Unidos, la embriaguez al momento de la deserción era un atenuante, y muchos la alegaron sin éxito durante el juicio. Tampoco valió que declararan que nunca habían disparado contra las tropas invasoras. O’Reilly señaló como causas de su deserción los abusos y discriminaciones de que eran objeto los irlandeses y el pillaje, saqueo y asesinatos que se cometían contra los mexicanos en una guerra injusta, por lo que fue condenado a la horca, pese a que esta pena sólo correspondía a los desertores en tiempo de guerra y él había desertado antes de que se iniciaran las hostilidades. Otro de los dirigentes del batallón irlandés, Barry Fitzgerald, durante el Consejo de Guerra señaló: “Los soldados de San Patricio no esperamos clemencia por parte de ustedes. La muerte honra cuando la vida se entrega por una causa justa. Quiero aclarar a la defensa que no fuimos seducidos como se trata de hacer creer. A una mujer se le seduce [...] a un hombre se le convence. El Batallón de San Patricio está formado por patriotas de Irlanda, por hombres que hemos sentido en nuestra tierra, en nuestra carne, el brutal atropello y el descarado despojo del que abusa de su fuerza. Fuimos engañados, sí, pero por el ejército norteamericano que nos alistó en sus filas asegurándonos que los Estados Unidos eran víctimas de una agresión por parte de los bárbaros. Ese fue el engaño [...] porque el pueblo llamado bárbaro era débil y no atacaba, sino que era agredido. Incendiaba sus pueblos, destruía sus hogares y salía con sus mujeres y sus hijos a luchar por los caminos antes que rendirse o entregarse […] ese valor fue el que nos sedujo a los irlandeses, el que nos recordó que nuestro pueblo era víctima también del sátrapa y del malvado inglés. Su fervor, su fe católica nos unía a ellos en esta infame conquista que será un estigma para los Estados Unidos". Este día 9 de septiembre, se cumple la sentencia en San Ángel y dieciséis de ellos son ahorcados; al día siguiente, serán ajusticiados cuatro en Mixcoac, luego treinta; los demás en Tacubaya el 13 de septiembre siguiente. Ese día aciago para los mexicanos, cuenta Carlos Betancourt (El Batallón de San Patricio ¿héroes o traidores?: “Sucumbieron en la horca en un camino desde donde se podía observar a la distancia el Castillo de Chapultepec. El coronel enemigo William Selby Harney, irónicamente de ascendencia irlandesa estuvo a cargo de hacer cumplir la sentencia. Decidió coordinar las ejecuciones con el asalto de su ejército al cerro de Chapultepec. Construyó un cadalso en una ligera elevación del terreno desde donde se veía claramente la fortaleza y colocó a los prisioneros sobre unas carretas, con la soga al cuello y con la cara hacia donde se libraba la batalla. Esperó hasta que todos pudieran percatarse de que en el castillo era arriada la bandera mexicana en señal de derrota, y en su lugar se izaba la de las barras y las estrellas. Con su espada dio una orden y las carretas dejaron en vilo a los sentenciados.” Hubo gran empeño de parte de los individuos del gobierno mexicano, de algunos extranjeros respetables, del arzobispo y de diversos eclesiásticos, y hasta de las señoras de San Ángel y Tacubaya, para salvar á estos desgraciados; pero nada se consiguió de Scott, quien en sus órdenes, hablaba de los desertores irlandeses como "miserables engañados, desdichados convictos", decía el corresponsal del periódico New Orleans Picayune. Más adelante, Scott hizo aparecer al gobierno mexicano como el único y verdadero verdugo de aquellos hombres por haber provocado y favorecido su deserción. El cruel castigo se cumplió y como escribió Niceto de Zamacois (Historia de México) “la pluma se resiste a relatar el martirio sufrido por aquellos desgraciados.” El rastro de John O’Reilly se perderá en el tiempo, pero se dice que murió en agosto de 1850 y su cuerpo descansa en la catedral de Veracruz, con el nombre de Juan Reley, el mismo con el que fue inscrito en los archivos del Ejército Mexicano. Desde el 17 de mayo de 1999, en la sala principal de la Cámara de Diputados de México, el nombre del Batallón de San Patricio está inscrito con letras de oro, al parejo del de muchos otros héroes mexicanos. El primer domingo de cada mes, la Banda de Gaiteros del Batallón de San Patricio, mantiene el recuerdo de aquellos héroes que pelearon en defensa de nuestra integridad territorial. En el Convento de Churubusco, hoy Museo de las Intervenciones, lugar en donde finalmente fueron tomados prisioneros los irlandeses por las tropas invasoras norteamericanas, desfilan los gaiteros en honor de quienes supieron unirse a la causa justa de México.