@Bio_stations

バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。SpotifyやApple podcastなど各種プラットホームで好評配信中です！

 Molecular biology
profu.link/u/biostation
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ポッドキャスト新エピソードです！ 理研でPIをされている荻沼政之先生をゲストに、pHや解糖系の勾配による発生タイミングの制御、キリフィッシュを用いた休眠研究、遺伝研でのPhD生活からフランス/アメリカにわたるポスドク生活、これからの展望についてお聞きしました open.spotify.com/episode/60o…

#23 To be a Mad Scientist (ゲスト：荻沼政之先生 / 理研)

バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast · Episode

open.spotify.com
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リプログラミングによる若返り トランスクリプトーム老化予測モデルを構築し、さらに網羅的スクリーニングによってSRSF1というスプライシング因子が若返りに貢献する可能性を発見。マウス生体でも強制発現により寿命の延長などの効果が見られる nature.com/articles/s43587-0…

Transcriptomic reprogramming screen identifies SRSF1 as a regulator of aging

Nature Aging - Plesa, Jung and colleagues conduct an in vitro transcriptomic reprogramming screen and identify splicing factor SRSF1 as capable of reducing transcriptomic age without loss of cell...

nature.com
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プロテアーゼのde novoタンパク質設計 AIを用いてアミド結合を切断する高活性な亜鉛メタロプロテアーゼの設計に成功。活性中心に金属イオンや水分子などを精密に配置するのが重要。TDP-43やアミロイドβなどの標的タンパク質を特異的に切断することにも成功 すごいです nature.com/articles/s41586-0…

Computational design of metalloproteases

Nature - RFdiffusion methods are used to de novo design proteins with water-activating zinc-based active sites adjacent to a peptide substrate binding pocket, yielding highly active, programmable...

nature.com
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染色体外DNAによる独自の電気化学的環境 染色体外DNAハブががん細胞において、酸化ストレスから自身を保護する独自の電気化学的環境を形成することを発見。これによりがん遺伝子の発現が支えられている可能性。 cell.com/molecular-cell/full…

Inherent electrochemical activity of extrachromosomal DNA hub shapes spatial redox environment in...

Qin et al. demonstrate that extrachromosomal DNA hubs function as inherent electrochemical reactors. By non-enzymatically generating a localized antioxidant shield, these hubs protect themselves from...

cell.com
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タンパク質の発現振動と細胞運命制御 小腸上皮においてHes1タンパク質の発現振動に勾配が存在すること、さらにこの振動周期を人工的に制御することで細胞運命が変化することを報告。発現レベルだけでなく、そのダイナミクスが細胞運命に貢献 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scie…

Frequency encoding regulates cell type composition in the small intestine

Intestinal homeostasis requires tight regulation of stem cell maintenance and differentiation to absorptive and secretory cell types, two major intestinal lineages. Key signaling pathways have been...

science.org
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ノンコーディングRNAからの翻訳 核内で働くとされていたノンコーディングRNA(Malat1)が、細胞質で微小ペプチドを産生することを発見。RNA配列内の反復配列B1 SINEがリボソームエントリーサイト(IRES)として働くらしい 面白いです！ science.org/doi/10.1126/scia…

A B1 SINE element within the mouse Malat1 long noncoding RNA acts as an internal ribosome entry...

In most cells, Malat1 long noncoding RNA localizes to the nucleus where it affects splicing and chromatin function. In mouse neurons, Malat1 is exported to the cytoplasm where it is translated to...

science.org
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逆転写によるユニークな抗ウイルス応答 細菌の抗ファージ防御システムである「レトロン」の一種が、逆転写によって一本鎖DNAを産生、これが翻訳抑制を解除することで抗ウイルス応答として貢献することを発見。人工的な遺伝子回路などへの応用も期待 すごいメカニズム cell.com/molecular-cell/full…

Reverse transcribed ssDNA derepresses translation of a retron antiviral protein

Retrons help bacteria defend against phage by initiating a toxic response to restrict viral propagation. Here, Zhang et al. describe the non-canonical mechanism of Retron-Vpa2, which accumulates...

cell.com
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テロメア伸長酵素の祖先に迫る タンパク質自身のセリン残基をプライマーとして(!)RNAからDNAを逆転写する細菌抗ファージ因子を同定。テロメア伸長酵素と類似。RNAを使った反復DNA合成の仕組みが、細菌では抗ウイルス防御に、真核生物ではテロメアの維持に使われる可能性 nature.com/articles/s41586-0…

Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

Nature - Antiviral immunity via telomerase-like reverse transcription in bacteria

nature.com
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糖鎖まで“配列で設計”する de novoタンパク質でN型糖鎖の周囲を立体的に囲い、糖鎖加工酵素のアクセスを制御。局所構造だけで複合型 → オリゴマンノース型へ糖鎖の加工状態を誘導し、細菌接着阻害などの機能まで実装 biorxiv.org/content/10.64898…

Programming N-linked glycan composition through de novo protein design

N-linked glycans are ubiquitous post-translational modifications that mediate diverse biological processes, including cell signaling and adhesion, molecular recognition, and host-pathogen interacti...

biorxiv.org
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マウス発生の細胞系譜を追跡する PEtracerと呼ばれるDNAバーコード編集とシングルセルRNA-seqを組み合わせることで、受精後7.5日から10日までの細胞系譜を再構築。いろんな組織での発生起源や運命決定の動態が明らかに そんな事ができるとは、！ cell.com/cell/fulltext/S0092…

Comprehensive lineage tracing maps the landscape of cell fate decisions in mouse embryogenesis

We use PEtracer to reconstruct high-resolution lineage histories for >1.4 million cells from E7.5 to E10.0 during mouse development, providing a quantitative view of fate bias, restriction timing,...

cell.com
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ワクチン副反応の個人差に腸内細菌が関係 mRNAワクチン接種前後の体温変化の個人差を追跡することで、発熱しやすい人は特定の腸内細菌が多いことや慢性的な腸管の軽度炎症があることを発見。加工食や西洋型の食事が副反応を悪化させるかも science.org/doi/10.1126/scie…

The human gut microbiome primes fever after vaccination

Fever is a common adverse reaction to vaccination, contributing to vaccine hesitancy and reduced uptake. To understand variation in fever risk, we longitudinally profiled fecal microbiota, oral...

science.org
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特殊なリボソームによる翻訳制御 一部のウイルス感染や栄養ストレス時に、リボソームの構成が変化し、特殊なリボソームができることを発見。通常60Sに結合する因子が40Sにも結合する構造。ウイルスmRNAなどの優先的な翻訳に貢献するらしい そんなリボソームが！ cell.com/molecular-cell/full…

Ribosome remodeling drives translation adaptation during viral infection and cellular stress

Tsai et al. discover that ribosome composition is reprogrammed in response to intrinsic and external cellular perturbations, which supports ribosome remodeling as a conserved mechanism that enables...

cell.com
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脂質の長さが老化のカギかも 老化に伴って複数の組織で脂質鎖が伸長していることを発見。伸長した脂質は細胞膜の物理的特性を変化させ細胞にダメージとなるかも。線虫では遺伝学的に脂質を短くすると寿命の延長が見られる おもしろいです！ nature.com/articles/s43587-0…

Longer lipids mark aging and constrain lifespan

Nature Aging - Investigating age-related remodeling of lipid species to shed light on the molecular underpinnings of aging, here Li et al. show that lipid acyl chains become longer with age. Lipid...

nature.com
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老化とシャペロン介在オートファジー 加齢に伴うシャペロン介助オートファジーCMAの低下により老化細胞の特性変化や免疫系による排除不全が引き起こされるらしい。薬理学的なCMAの活性化により老齢マウスにおける老化細胞の負荷を軽減 nature.com/articles/s43587-0…

Decline of chaperone-mediated autophagy in aging impairs macrophage clearance of senescent cells

Nature Aging - This study looks at how the decline in chaperone-mediated autophagy in aging alters senescent cell properties leading to an impairment in their immune clearance. Utilizing proteomic...

nature.com
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既存の設計候補を予測された結合姿勢を保ちながら最適化する手法でde novoタンパク質の設計効率を改善 この手法なども用いてde novoタンパク質の設計を請け負う会社を友人が立ち上げたそうです。ご興味あれば！ foldarc.com/

FoldArc｜狙った部位に結合するタンパク質を、設計して届ける

研究の標的に合わせたde novoバインダーの受託設計。まずはサービス資料でご検討ください。

foldarc.com
Ken Osumi
@ken_osumiOct 6
Can we improve a designed de novo binder while keeping its binding mode? Introducing ArcRefine, a refinement method for existing designs. In our TNFα campaign, 6 of 10 tested designs bound by BLI. Preprint and code below. 🧵
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ミトコンドリアの進化に迫る 真核生物の系統全体において、ミトコンドリアタンパク質を網羅的に解析。最初の真核生物のミトコンは好気性代謝も嫌気性代謝も行えた可能性を発見。さらにヒトとの比較により原虫感染症に対する33の有望な治療標的を特定 cell.com/cell/fulltext/S0092…

Comparative analysis of mitochondrial proteomes across the tree of life

Comparative analysis of experimentally defined and computationally predicted mitoproteomes prioritizes candidate targets for protozoan diseases and predicts an ancestral mitochondrion with aerobic...

cell.com
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転写因子クラスターの機能に迫る 転写因子の凝集体の機能にin vivoで迫る系を確立。これまでの説とは異なり、凝集体は転写バーストを引き起こすのではなく、RNAポリメラーゼのローディング効率を上げて転写量の増幅に貢献することを発見 cell.com/molecular-cell/full…

Transcription factor clusters enhance gene expression in vivo without modulating bursting dynamics

Cadar et al. show that the transcription factor Dorsal forms clusters at genes carrying many binding sites in living fly embryos. Losing these clusters is lethal, yet they do not switch genes on;...

cell.com
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脳発生過程の時空間マップ 胎生期から出生後までバーコードで追跡し、前脳のクローン関係を全域で可視化。興奮性ニューロンは地域に留まり、GABA作動性ニューロンは広く移動するなど、系譜ごとに異なる発生原理をあきらかに 力技、、！ nature.com/articles/s41586-0…

Spatiotemporal clonal architecture of the newborn mouse forebrain

Nature - Clonal barcoding across the newborn mouse forebrain reveals developmental principles whereby glutamatergic neurons and astrocytes remain locally derived, whereas widely dispersed GABAergic...

nature.com
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がん細胞の“壊れ方”までデザイン 腫瘍の微小環境はpHが下がることに着目し、酸性で作動する膜破壊ペプチドを設計。まずリソソーム、約10時間遅れて細胞膜を破壊。あえて時間差をつくることで炎症・抗原提示を高め、免疫チェックポイント阻害を強化 nature.com/articles/s41586-0…

Membranolytic peptide programs immunogenic cell death for cancer therapy

Nature - The synthetic-acid-responsive membranolytic peptide aMPC16-CA50 induces immunogenic membranolytic cell death in tumour cells, robustly potentiating immune checkpoint blockade therapy.

nature.com
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バイオステーション(Bio-station)/ポッドキャスト retweeted
Yu-ichiro Nakajima@nyuichiro97Oct 2
「高い再生能力をもつクラゲも老いる」 エダアシクラゲで加齢に伴って組織恒常性が低下し、高い触手再生能力も衰えることを明らかにしました。 Aging Cellに論文が掲載されました: onlinelibrary.wiley.com/doi/… 「老化と再生」の関係を、🪼から考える研究成果です。 #クラゲ #再生 #老化

Aging Disrupts Tissue Homeostasis and Constrains Blastema‐Mediated Regeneration in the Cladonema...

Aging in Cladonema medusae disrupts tissue homeostasis and stem cell-associated dynamics, accompanied by delayed wound closure and defective blastema formation. These age-associated cellular changes...

onlinelibrary.wiley.com
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AI生成タンパク質に透かしを埋め込む SynthIDBioと呼ばれる新たな電子透かし技術により、タンパク質にAI生成したという透かしを入れることに成功。配列または構造に透かしを入れるらしい。高い検出精度を持ちながらも機能への影響は最小限 そんな事ができるのか、！ nature.com/articles/s41586-0…

Function-preserving watermarking of AI-generated proteins

Nature - SynthIDBio watermarks AI-generated protein sequences and structures while preserving function, enabling provenance detection and offering a proof-of-concept tool for biosecurity and...

nature.com
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